Forskningsartikel2024Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Gene co-expression network analysis reveal core responsive genes in Parascaris univalens tissues following ivermectin exposure
Dube, Faruk; Delhomme, Nicolas; Martin, Frida et al.
Nicolas Delhomme
Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi
E-post: nicolas.delhomme@slu.se
ORCID: 0000-0002-3053-0796
Publikationer
2024
2023
Forskningsartikel2023Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Transcriptomics of ivermectin response in Caenorhabditis elegans: Integrating abamectin quantitative trait loci and comparison to the Ivermectin-exposed DA1316 strain
Dube, Faruk; Hinas, Andrea; Delhomme, Nicolas et al.
Forskningsartikel2023Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Salicylic acid metabolism and signalling coordinate senescence initiation in aspen in nature
Lihavainen, Jenna; Simura, Jan; Bag, Pushan et al.
Forskningsartikel2023Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Seior: Efficient calculation of robust ensemble gene networks
Schiffthaler, Bastian; van Zalen, Elena; Serrano, Alonso R. et al.
Forskningsartikel2023Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
SeedTransNet: a directional translational network revealing regulatory patterns during seed maturation and germination
Bai, Bing; Schiffthaler, Bastian; van der Horst, Sjors et al.
Forskningsartikel2023Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Flexure wood formation via growth reprogramming in hybrid aspen involves jasmonates and polyamines and transcriptional changes resembling tension wood development
Urbancsok, Janos; Donev, Evgeniy N.; Sivan, Pramod et al.
2022
Forskningsartikel2022Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Transcriptome Analysis of an Aedes albopictus Cell Line Single- and Dual-Infected with Lammi Virus and WNV
Ohlund, Pontus; Delhomme, Nicolas; Hayer, Juliette et al.
Forskningsartikel2022Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Metabolic control of arginine and ornithine levels paces the progression of leaf senescence
Liebsch, Daniela; Juvany, Marta; Li, Zhonghai et al.
Forskningsartikel2022Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
FLOWERING LOCUS T paralogs control the annual growth cycle in Populus trees
Andre, Domenique; Marcon, Alice; Lee, Keh Chien et al.
Forskningsartikel2022Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Cone-setting in spruce is regulated by conserved elements of the age-dependent flowering pathway
Akhter, Shirin; Westrin, Karl Johan; Zivi, Nathan et al.
Forskningsartikel2022Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Laccaria bicolor pectin methylesterases are involved in ectomycorrhiza development with Populus tremula x Populus tremuloides
Chowdhury, Jamil; Kemppainen, Minna; Delhomme, Nicolas et al.
2021
Forskningsartikel2021Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Exploring the beta-tubulin gene family in a benzimidazole-resistant Parascaris univalens population
Martin, Frida; Halvarsson, Peter; Delhomme, Nicolas et al.
Forskningsartikel2021Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
An atlas of the Norway spruce needle seasonal transcriptome
Bag, Pushan; Lihavainen, Jenna; Delhomme, Nicolas et al.
Forskningsartikel2021Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Sex without crossing over in the yeast Saccharomycodes ludwigii
Papaioannou, Ioannis A.; Dutreux, Fabien; Peltier, France A. et al.
Forskningsartikel2021Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
qtlXplorer: an online systems genetics browser in the Eucalyptus Genome Integrative Explorer (EucGenIE)
Christie, Nanette; Mannapperuma, Chanaka; Ployet, Raphael et al.
Forskningsartikel2021Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Populus PtERF85 Balances Xylem Cell Expansion and Secondary Cell Wall Formation in Hybrid Aspen
Seyfferth, Carolin; Wessels, Bernard A.; Vahala, Jorma et al.
Forskningsartikel2021Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Small-scale sequencing enables quality assessment of Ribo-Seq data: an example from Arabidopsis cell culture
Mahboubi, Amir; Delhomme, Nicolas; Haggstrom, Sara et al.
Forskningsartikel2021Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
ProkSeq for complete analysis of RNA-Seq data from prokaryotes
Mahmud, A. K. M. Firoj; Delhomme, Nicolas; Nandi, Soumyadeep et al.
Forskningsartikel2021Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Comparative Fungal Community Analyses Using Metatranscriptomics and Internal Transcribed Spacer Amplicon Sequencing from Norway Spruce
Schneider, Andreas N.; Sundh, John; Sundstrom, Gorel et al.
2020
Forskningsartikel2020Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
The chromatin-modifying protein HUB2 is involved in the regulation of lignin composition in xylem vessels
Zhang, Bo; Sztojka, Bernadette; Seyfferth, Carolin et al.
Forskningsartikel2020Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
The Mitogenome of Norway Spruce and a Reappraisal of Mitochondrial Recombination in Plants
Sullivan, Alexis R.; Eldfjell, Yrin; Schiffthaler, Bastian et al.
2019
Forskningsartikel2019Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
An AP2/ERF transcription factor ERF139 coordinates xylem cell expansion and secondary cell wall deposition
Wessels, Bernard; Seyfferth, Carolin; Escamez, Sacha et al.
Forskningsartikel2019Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Ethylene Signaling Is Required for Fully Functional Tension Wood in Hybrid Aspen
Seyfferth, Carolin; Wessels, Bernard A.; Gorzsas, Andras et al.
Forskningsartikel2019Vetenskapligt granskad
High Spatial Resolution Profiling in Tree Species
Giacomello, Stefania; Delhomme, Nicolas; Niittyla, Totte et al.
Forskningsartikel2019Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
PECTIN ACETYLESTERASE9 Affects the Transcriptome and Metabolome and Delays Aphid Feeding(1)([OPEN])
Kloth, Karen J.; Abreu, Ilka N.; Delhomme, Nicolas et al.
Forskningsartikel2019Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Ray Parenchymal Cells Contribute to Lignification of Tracheids in Developing Xylem of Norway Spruce(1)([OPEN])
Blokhina, Olga; Laitinen, Teresa; Hatakeyama, Yuto et al.
Forskningsartikel2019Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Global gene expression analysis in etiolated and de-etiolated seedlings in conifers
Ranade, Sonali Sachin; Delhomme, Nicolas; Garcia-Gil, M. Rosario.
Forskningsartikel2019Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Poplar carbohydrate-active enzymes: whole-genome annotation and functional analyses based on RNA expression data
Kumar, Vikash; Hainaut, Matthieu; Delhomme, Nicolas et al.
Forskningsartikel2019Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Transcriptome analysis of shade avoidance and shade tolerance in conifers
Ranade, Sonali Sachin; Delhomme, Nicolas; Garcia-Gil, Maria Rosario.
2018
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Transcriptional Roadmap to Seasonal Variation in Wood Formation of Norway Spruce
Jokipii-Lukkari, Soile; Delhomme, Nicolas; Schiffthaler, Bastian et al.
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Ethylene-Related Gene Expression Networks in Wood Formation
Seyfferth, Carolin; Wessels, Bernard; Jokipii-Lukkari, Soile et al.
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
The gut microbiome participates in transgenerational inheritance of low-temperature responses in Drosophila melanogaster
Zare, Aman; Johansson, Anna-Mia; Karlsson, Edvin et al.
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Transcriptome analysis of embryonic domains in Norway spruce reveals potential regulators of suspensor cell death
Reza, Salim H.; Delhomme, Nicolas; Street, Nathaniel R. et al.
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Integrative Analysis of Three RNA Sequencing Methods Identifies Mutually Exclusive Exons of MADS-Box Isoforms During Early Bud Development in Picea abies
Akhter, Shirin; Kretzschmar, Warren W.; Nordal, Veronika et al.
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
A genetic network mediating the control of bud break in hybrid aspen
Singh, Rajesh Kumar; Maurya, Jay P.; Azeez, Abdul et al.
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskad
PORCUPINE regulates development in response to temperature through alternative splicing
Capovilla, Giovanna; Delhomme, Nicolas; Collani, Silvio et al.
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Darkened Leaves Use Different Metabolic Strategies for Senescence and Survival
Law, Simon R.; Chrobok, Daria; Juvany, Marta et al.
Forskningsartikel2018Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Ethylene signaling induces gelatinous layers with typical features of tension wood in hybrid aspen
Felten, Judith; Vahala, Jorma; Love, Jonathan et al.
2017
Forskningsartikel2017Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
A Key Role for Apoplastic H2O2 in Norway Spruce Phenolic Metabolism
Laitinen, Teresa; Morreel, Kris; Delhomme, Nicolas et al.
Forskningsartikel2017Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
AspWood: High-spatial-resolution transcriptome profiles reveal uncharacterized modularity of wood formation in Populus tremula
Sundell, David; Street, Nathaniel R.; Kumar, Manoj et al.
2016
Forskningsartikel2016Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Training in High-Throughput Sequencing: Common Guidelines to Enable Material Sharing, Dissemination, and Reusability
Schiffthaler, Bastian; Kostadima, Myrto; Delhomme, Nicolas et al.
2015
Forskningsartikel2015Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Serendipitous Meta-Transcriptomics: The Fungal Community of Norway Spruce (Picea abies)
Delhomme, Nicolas; Sundström, Görel; Lantz, Henrik et al.
Forskningsartikel2015Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
The Plant Genome Integrative Explorer Resource: PlantGenIE.org
Sundell, David; Mannapperuma, Chanaka; Netotea, Sergiu et al.
2014
Forskningsartikel2014Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Populus tremula (European aspen) shows no evidence of sexual dimorphism
Robinson, Kathryn M.; Delhomme, Nicolas; Mahler, Niklas et al.
2013
Forskningsartikel2013Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
The Genomic and Transcriptomic Landscape of a HeLa Cell Line
Landry, Jonathan J. M.; Pyl, Paul Theodor; Rausch, Tobias et al.
Forskningsartikel2013Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution
Nystedt, Bjorn; Street, Nathaniel R.; Wetterbom, Anna et al.
2012
Forskningsartikel2012Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Nos2 Inactivation Promotes the Development of Medulloblastoma in Ptch1+/− Mice by Deregulation of Gap43–Dependent Granule Cell Precursor Migration
Haag, Daniel; Zipper, Petra; Westrich, Viola et al.
Forskningsartikel2012Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
easyRNASeq: a bioconductor package for processing RNA-Seq data
Delhomme, Nicolas; Padioleau, Ismael; Furlong, Eileen E. et al.
Forskningsartikel2012Vetenskapligt granskad
Tissue-specific analysis of chromatin state identifies temporal signatures of enhancer activity during embryonic development
Bonn, Stefan; Zinzen, Robert P.; Girardot, Charles et al.
2011
Forskningsartikel2011Vetenskapligt granskadÖppen tillgång
Seamless Gene Tagging by Endonuclease-Driven Homologous Recombination
Khmelinskii, Anton; Meurer, Matthias; Duishoev, Nurlanbek et al.