Gourlé, Hadrien
- Institutionen för husdjurens biovetenskaper, Sveriges lantbruksuniversitet
Sammanfattning
Motivation: The accurate in silico simulation of metagenomic datasets is of great importance for benchmarking bioinformatics tools as well as for experimental design. Users are dependant on large-scale simulation to not only design experiments and new projects but also for accurate estimation of computational needs within a project. Unfortunately, most current read simulators are either not suited for metagenomics, out of date or relatively poorly documented. In this article, we describe InSilicoSeq, a software package to simulate metagenomic Illumina sequencing data. InsilicoSeq has a simple command-line interface and extensive documentation.Results: InSilicoSeq is implemented in Python and capable of simulating realistic Illumina (meta) genomic data in a parallel fashion with sensible default parameters.
Publicerad i
Bioinformatics
2019, volym: 35, nummer: 3, sidor: 521-522
Utgivare: OXFORD UNIV PRESS
SLU författare
Karlsson Lindsjö, Oskar
- Institutionen för molekylära vetenskaper, Sveriges lantbruksuniversitet
- Institutionen för molekylära vetenskaper, Sveriges lantbruksuniversitet
Hayer, Juliette
- Institutionen för husdjurens biovetenskaper, Sveriges lantbruksuniversitet
- Institutionen för husdjurens biovetenskaper, Sveriges lantbruksuniversitet
Bongcam Rudloff, Erik
- Institutionen för husdjurens biovetenskaper, Sveriges lantbruksuniversitet
- Institutionen för husdjurens biovetenskaper, Sveriges lantbruksuniversitet
UKÄ forskningsämne
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Publikationens identifierare
- DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty630
Permanent länk till denna sida (URI)
https://res.slu.se/id/publ/99031